スーパーコンピュータ関連

本ページは名古屋大学情報基盤センターの大型計算機に関する内容を記述してあります. おもに, スパコンで使用するコマンド名やその使い方について説明します. 名古屋大学の大型計算機の詳細に関しては, こちら を参照してください.

qsub システム

コマンド一覧

  • charge
    • 現在の利用料金表示.
  • lgtmp
    • 名古屋大のシステムはユーザディレクトリに quota の設定がなされているため, 容量の大きなファイルは設置できない. そこで, "/" 以下に "large_tmp", "large" というquota が設定されていない共有領域が別に存在している. 本コマンドはこのうち, "large_tmp" 以下に自身の作業領域を作成するコマンドである.
      • "large_tmp" と "large" の違いは, 定期的にバックアップされるかされないかの違い(_tmp はバックアップされない)
  • qstat
    • 現在のジョブ一覧表示コマンド.
  • jstat
    • qstat の表示フォーマットが異なるコマンド.
    • 基本的に qstat と同じ.
      • ただし, man パスが通っていないので, オプションなどの詳細はよくわからない.
  • qsub
  • qdel
    • ジョブ削除コマンド.
    • オプション
      • -K [ジョブ番号] : 指定した番号のジョブを削除する.

並列化に関する覚書

OpenMP

環境変数

  • OMP_NUM_THREADS : default = 実行マシンのコア数
    • コア並列数を陽に指定.
  • OMP_STACKSIZE : default = 2000(4000)
    • 各スレッドがプライベートに使用するスタックサイズ (KB 指定) を陽に指定.

MPI


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